Да, может. Бывает, что автопроизводители выпускают линейку машин с разными мощностями, но одинаковыми двигателями. Младшие модели по устройству мотора ничем не отличаются от старших, однако их мощность программно задушена. Это делается маркетологами для сегрегации рынка.
Поэтому если прошить младшую модель программой ЭБУ от старшей, то получится более мощный мотор с оригинальной заводской программой.
Прошивки ЭБУ, настроенные качественно, отличаются повышенной стабильностью, поэтому они практически всегда полностью безопасны.